ศูนย์การศึกษาพิเศษประจำจังหวัดปราจีนบุรีมีการจัดการศึกษาโดยยึดแนวทางการพัฒนาดังนี้

ด้านที่ ๑ มาตรฐานด้านคุณภาพผู้เรียน

พัฒนาคุณภาพผู้เรียนโดยการฟื้นฟูสมรรถภาพ จัดทำวิจัยในชั้นเรียนพัฒนาการใช้ IEP , IIP , IFSP  ส่งเสริมให้ผู้เรียนมีคุณภาพชีวิตที่ดีและอยู่ร่วมในสังคมได้อย่างมีความสุข

ด้านที่  ๒  มาตรฐานด้านครู

1.   ส่งเสริมให้บุคลากรได้รับทักษะ ความรู้ โดยการจัดอบรมหรือศึกษาดูงานมีความเข้าใจปรัชญาการจัดการศึกษาสำหรับคนพิการและสามารถประยุกต์ใช้ได้

2.   ส่งเสริมให้บุคลากร มีความเมตตาและอดทนต่อการเอาใจใส่ดูแลผู้เรียน รู้จักผู้เรียนเป็นรายบุคคลและรับรู้ความเปลี่ยนแปลงที่เกิดกับผู้เรียน

3.   ส่งเสริมให้ครูจัดทำแผนการจัดการศึกษาเฉพาะบุคคลและแผนการให้บริการช่วยเหลือเฉพาะครอบครัวตามข้อกำหนดของการจัดทำแผนและมีการทบทวนแผนเป็นระยะ

4.   ส่งเสริมให้ครูจัดกระบวนการเรียนรู้ตามแผนโดยใช้เทคโนโลยีสิ่งอำนวยความสะดวก สื่อการเรียนรู้ บริการและความช่วยเหลืออื่นใดทางการศึกษาได้ตรงตามความต้องการจำเป็นของผู้เรียน

5.   ส่งเสริมให้ครูใช้เครื่องมือและวิธีการวัดผลประเมินผลการเรียนรู้ของผู้เรียนอย่างหลากหลาย และสรุปรายงานผลการพัฒนาผู้เรียนเพื่อเข้าสู่ระบบช่วงเชื่อมต่อ

6.   ส่งเสริมและให้ความรู้ในการวิจัยและพัฒนาการจัดการเรียนรู้ที่ตนรับผิดชอบและใช้ผลในการปรับการสอน

7.   ส่งเสริมทำงานร่วมกับผู้ปกครอง ชุมชน และองค์กรภาครัฐและเอกชน

ด้านที่  ๓  มาตรฐานด้านผู้บริหาร

1.   พัฒนาความรู้ ความสามารถ และการศึกษาในการเป็นผู้นำ โดยการนำวิธีการใหม่ๆมาเป็นหลักในการบริหารและปรับปรุงการดำเนินงาน

2.   ส่งเสริมระบบบริหารงานให้มีประสิทธิภาพ

3.   ส่งเสริมให้มีการพัฒนาศักยภาพครู บุคลากร ผู้ปกครองและผู้เกี่ยวข้อง

4.   ส่งเสริมให้มีการประสานงานภาคีเครือข่าย ให้คำแนะนำ คำปรึกษาทางวิชาการ

5.   ส่งเสริม กำกับ ติดตาม นิเทศ จัดการศึกษาและแผนปฏิบัติการ